SD Santo Yoseph 2 Denpasar beroperasi dengan dua unit gedung yang berlantai 4 dan satunya berlantai 3. Gedung Utama memiliki ruang kelas sebanyak 21 ruang dengan masing-masing kelas berukuran 8x8 m2, dilengkapi dengan LCD dan Audio dan kipas angin.

Gedung penunjang dimanfaatkan sebagai ruang guru, ruang Audio, Ruang Lab Komputer, Ruang Lab MIPA, dan Ruang Perpustakaan.

Gedung dilengkapi dengan camera cctv, tabung pemadam api, dan general audio, dan jaringan internet.

Toilet tersedia di ujung masing-masing lantai; setiap lantai dapat diakses melalui 3 tangga gedung. Sejak dicetuskan penggunaan Kurikulum 2013, SD Santo Yoseph 2 Denpasar ditunjuk sebagai sekolah piloting pelaksanaan Kurikulum 2013 dan saat ini seluruh kelas telah menggunakan Kurikulum 2013.

Akreditasi Sekolah dilaksanakan secara berkala per lima tahun sekali dengan hasil penilaian Akreditasi A.

Foto fasilitas SD Santo Yoseph 2 Denpasar: