Pada mulanya sekolah ini hanya ada satu yaitu SDK Swastiastu yang berdiri sejak 15 Agustus 1958 yang didirikan sebagai bentuk wujud nyata karya perutusan sang guru dan teladan pendidikan Kristiani yaitu Yesus Kristus.

Karya dibidang pendidikan merupakan salah satu tugas karya perutusan iman Kristiani yang bertujuan untuk membangun dan membentuk pribadi yang berkarakter dengan menanamkan nilai-nilai kehidupan yang berdasarkan cinta kasih.

Pendidikan merupakan hal dasar pembentukan pribadi seutuhnya selaras dengan tujuan pendidikan nasional, nilai-nilai hidup Kristiani menjadi spirit yang khas dalam penyelenggaraan pendidikan Katolik yang menuntun menuju pembebasan dari keterbelakangan, membukakan jendela dan pintu menuju masa depan yang gemilang guna mencerdaskan dan membangun kehidupan bangsa yang memiliki integritas dan martabat yang luhur.

Pada tahun 1981 Yayasan Swatiastu (kini menjadi Yayasan Insan Mandiri Denpasar) memekarkan pelayanan pendidikan di sekolah dasar seiring dengan semakin meningkatnya minat masyarakat yang menginginkan putra dan putri mereka mengenyam pendidikan Katolik di SDK Swastiastu Denpasar.

Pada halaman dan alamat yang sama di jalan Serma Kawi 2 Denpasar, Kelurahan Dauh Puri Klod, Kecamatan Denpasar Barat, Kota Denpasar didirikan lagi satu unit sekolah dasar dengan nama SDK II Swastiastu Denpasar yang secara resmi berdiri dan beroperasi pada tanggal 1 Agustus 1981.

Otonomi daerah yang diwarnai dengan pengklaiman penggunaan nama-nama dan simbol-simbol mewarnai perubahan nama terhadap seluruh unit layanan yang bernaung di bawah Yayasan Swastiastu termasuk nama Yayasan itu sendiri.

Perubahan nama SDK II Swastiastu Denpasar terjadi pada tahun 2000 dengan nama SD Santo Yoseph 2 Denpasar. Perubahan nama tidak berdampak pada pelayanan dan juga tidak mempengaruhi daya tarik masyarakat untuk mengenyam pendidikan di satuan pendidikan ini karena telah dikenal sebagai lembaga pendidikan yang mampu menyumbangkan output yang berkualitas dan berdedikasi tinggi, pribadi yang loyal, dan berintegritas.

Sejak berdiri hingga tahun 2016 SD Santo Yoseph 2 Denpasar telah menamatkan siswa dan siswi sekolah dasar sebanyak 7.420 orang siswa; dengan para pimpinan periodik para Kepala Sekolah:

No. Nama Kepala Sekolah Periode
1. Theodorus I Nengah Yokanan 1981 - 1995
2. Sr. M. Xaveria OSF. 1995 - 1997
3 FX. I Made Hirawan, S.Pd. 1997 - 1999
4 Robert Made Dwijaputra, S.Pd. 1999 - 2004
5 Lucia Pastiatun, S.Pd. 2004 - 2006
6 Dra. Luh Puh Udayati, M.Pd. 2006 - 2011
7 L. Ni Luh Murniathi, S.Pd., M.Pd. 2011 - 2016
8 Antonius I Nyoman Darsa, S.Pd. 2016 - 2019

SD Santo Yoseph 2 Denpasar beroperasi dengan dua unit gedung yang berlantai 4 dan satunya berlantai 3. Gedung Utama memiliki ruang kelas sebanyak 21 ruang dengan masing-masing kelas berukuran 8x8 m2, dilengkapi dengan LCD dan Audio dan kipas angin.

Gedung penunjang dimanfaatkan sebagai ruang guru, ruang Audio, Ruang Lab Komputer, Ruang Lab MIPA, dan Ruang Perpustakaan.

Gedung dilengkapi dengan camera cctv, tabung pemadam api, dan general audio, dan jaringan internet.

Sejak dicetuskan penggunaan Kurikulum 2013, SD Santo Yoseph 2 Denpasar ditunjuk sebagai sekolah piloting pelaksanaan Kurikulum 2013 dan saat ini seluruh kelas telah menggunakan Kurikulum 2013.

Akreditasi Sekolah dilaksanakan secara berkala per lima tahun sekali dengan hasil penilaian Akreditasi A.